Одним из ярчайших событий XVII — «бунташного» — века в истории России стала Крестьянская война Степана Разина. Среди многих проблем, ставших её причиной, часто забывают о проблеме взаимодействия церкви и государства. Историк Алексей Малышев в своей книге утверждает, что именно она стала одним из главных триггеров восстания. И если обычно церковь рассматривают как стабилизирующую и даже охранительскую силу, то в данном случае все было иначе. Дело в церковных реформах, предпринятых патриархом Никоном за полтора десятка лет до восстания, и политической борьбе вокруг Московской патриархии и её полномочий. В самой церковной среде из-за этого произошло некоторое размежевание, что позволило различным социально-политическим силам использовать религию в качестве важного элемента антиправительственной идеологии.
РПЦ приняла активное участие в событиях 1670-1671 гг., но в необычном формате: множество священников и монахов воевали в войске Разина и окормляли восставших. И это еще не всё… В фокусе внимания Малышева — роль в разинщине самого авторитетного иерарха того времени, низложенного с патриаршего престола и сосланного в монастырь Никона. Принято считать, что имя Никона было скорее символом социального протеста, а сам он в войне не участвовал. Хотя некоторые современники считали иначе. Совершенно неслучайно, что три из десяти вопросов, с которыми царь Алексей обратился в схваченному Разину в ходе допроса, касались именно экс-патриарха.
Низложение Никона прошло негладко, и все долгие годы, проведенные в ссылке, он сохранял значительное влияние и оставался важным участником политических игр. А незадолго перед смертью он по решению царя Федора Алексеевича был возвращен из ссылки и вновь возведен в патриаршее достоинство. В первый же период своего могущества Никон для нашей страны «был тем же, чем был в свое время для Франции кардинал Ришелье» (и даже имел свою гвардию — патриарших стрельцов). Он имел свой двор, свою тюрьму, своей властью судил и запрещал епископов, владел богатейшей казной, получил титул «великого государя» и нередко замещал царя в управлении страной. Широчайший ум и организаторские способности позволили Никону сыграть большую роль в определении внешней и внутренней политики России. Добиваясь вступления Москвы в войну с Речью Посполитой за Украину, Никон запустил обновление идеологической парадигмы «Русской веры», стремясь сделать её из национальной — вселенскою.
Свержение такого человека с патриаршества было следствием широкого недовольства влиятельных придворных и аристократов его влиянием. Боярская дума с сомнением относилась к украинским делам, тяжелая война давала поводы для обвинений патриарха в недальновидности. Недоброжелатели Никона также воспользовались в своих интересах недовольством некоторых священников церковными реформами патриарха. При этом в народе Никон сохранял большую популярность, что сыграло свою роль и в разинском бунте. Восставшие открыто требовали от царя восстановить Никона на патриаршем престоле, в разинской волжской флотилии был специальный патриарший струг. Достоверно установлено, что еще в 1668 г. в Ферапонтов монастырь к Никону приходили казаки — гонцы Разина. Контакты между двумя лидерами продолжались долгое время, да и во время восстания, что не отрицал на допросе и сам Никон.
По мнению Малышева, Никон прямо участвовал в заговоре против царя, поскольку оставил надежду на возвращение в Москву после ранней смерти в 1670 г. своего воспитанника — наследника Алексея Алексеевича. Продолжая верить в свою богоизбранность для выполнения важнейшей миссии по преобразованию церкви и страны, Никон сделал ставку на Разина и сильно помог ему в организации восстания — своей сетью приближенных, своей популярностью в народе, своей казной наконец. А главным связником между двумя вождями восстания, открытым и тайным, мог быть «черный поп Феодосий», духовник Разина, который прежде того был дьяконом у Никона в Воскресенском монастыре. Кстати, точно известно, что восставшие использовали личную печать Никона, которую ставили на «воровских грамотах». А самые крупномасштабные и ожесточенные сражения Крестьянской войны происходили уже без Разина, после поражения под Симбирском ушедшего на Дон. Несмотря на бегство вождя, война разгорелась с новой силой! Кто же руководил восставшими в этом случае?
Итак, восстание Разина, утверждает автор, стало следствием не только социально-экономических противоречий в русском обществе, но и противоречий внутри РПЦ, вылившихся в раскол (он сформировался не до, а после восстания). Это были противоречий между церковной иерархией, де-факто подчиненной короне, и «огромной массы духовенства и рядовых верующих, продолжавших считать своим легитимным первосвятителем низложенного патриарха Никона». За спиной Разина скрывалась мощная фигура Никона. Духовенство в разинском движении привлекала перспектива вывести церковь из-под контроля светской власти (что и было программой экс-патриарха).
Опора на авторитет Никона производила большое впечатление на стрельцов, часто переходивших на сторону восставших. В действиях бунтовщиков «просматривается воля общего руководителя, которым в тот момент мог быть только Никон, наладивший связь с повстанцами через многочисленных представителей черного и белого духовенства, порой даже командовавших отрядами». Военное поражение разинцев стало причиной, по которой Никон отошел от поддержки восстания. Свою жизнь он сохранил ценой выдачи царю самого Разина, осуществленной с помощью его духовника Феодосия. Долговременным же последствием участия Никона в бунте стала активизация политики царизма по ослаблению самостоятельности РПЦ, чьим логическим итогом уже в начале XVIII в. стало упразднение Петром Великим патриаршества.